现代医学及生物技术的发展促进了分子生物学的诞生。分子生物学是一门主要应用核酸技术对疾病和感染性病原微生物进行基因研究和诊断的学科。云南省人口和计划生育技术科学研究所基础部分子生物学实验室创建于2006年，本着开放、联合的宗旨，其主要职能为从分子水平研究生育调节及少数民族遗传多样性和云南省计划生育技术服务。该实验室配备遗传分析仪、定性及定量核酸扩增仪等大型仪器设备，目前开展的服务有：少数民族遗传多样性研究；男性不育的“Y染色体微缺失”基因诊断；病原微生物如乙肝病毒、淋球菌、人乳头瘤病毒（HPV）的基因诊断；临床常见出生缺陷疾病如先天性心脏病的基因诊断；亲子鉴定。